V skratke: nie (asi).

Popis nepriateľa

(Časť publikvoaná 25. 1. 2020)

Médiami a internetom sa šíria správy o novom víruse, ktorý sa už rozšíril po svete a ľudia začínajú byť mierne nervózni. Je na čas na paniku? Existujú príklady z nedávnej minulosti, ktoré by nás mali upokojiť: SARS a MERS.

Podobne ako v tomto prípade ide o koronavírusy, skupinu vírusov ktoré dostali meno kvôli svojmu tvaru pripomínajúcemu (kráľovskú) korunu. Vírusy sú vo všeobecnosti veľmi jednoduché veci. Píšem veci, lebo sa ani neberú ako forma života – ide o genetickú informáciu vo forme DNA alebo RNA uloženú v proteínovom obale. Ich jediným životným cieľom (obe slová berte s rezervou) je dostať sa do bunky a „preprogramovať“ ju aby ich začala množiť, sami to totiž nedokážu.

Na infiltráciu sa vírus potrebuje pripevniť na povrch špecifickej bunky a z toho plynú dva dôsledky. Po prvé, vírusy často spôsobia infekciu v špecifických častiach tela, pri koronavírusoch je to napríklad dýchacie ústrojenstvo (R v spomínaných názvoch je „respiratórny“), srdce či obličky. Po druhé, vírusy sa môžu prenášať na iné druhy živočíchov, no hlavne také, ktoré sú geneticky podobné. Vírus môžete dostať od cicavca či vtáka, no asi nie od medúzy. Preto ľudí prekvapila (už prevažne dementovaná) správa, že čínsky koronovírus môže pochádzať z hadov. Koronavírusy obsahujú RNA, ktorá je jednoduchšia ako DNA, ľahšie dochádza k mutáciám a tak nie je prekvapivé, že sa nová epidémia objaví každých pár rokov.

Ok, späť k porovnaniu čínskeho koronavírusu so SARS a MERS. Pri porovnaní vírusov sú dôležité tri veci. Po prvé, ako rýchlo sa šíria, po druhé, aká je inkubačná doba a po tretie, aké smrteľné sú.

Nákazlivosť opisuje R0 faktor, ktorý určuje koľko ďalších ľudí nakazený človek nakazí ďalej. Ak je R0 = 10, tak prvý človek nakazí 10, tí nakazia 100 a tí 1000. Ak je faktor R0 menší ako 1, napríklad 1/2, tak je vírus na ústupe: 20 nakazených ho predá 10 ľuďom, tí ďalej 5 a tak ďalej. Toto číslo však treba brať s rezervou.

Inkubačná doba je dôležitá hlavne zo začiatku epidémie – máte veľa pacientov, ktorí už chorobu majú a cestujú s ňou do sveta a ani o tom neviete. Niektoré choroby môžu byť nákazlivé už počas (ku koncu) inkubačnej doby, v prípade SARSu to tak však nebolo a pravdepodobne to tak nie je ani teraz (UPDATE: Ukazuje sa, že vírus môžu šíriť aj pacienti bez viditeľných symptómov). Smrteľnosť víru asi vysvetľovať netreba, podotknem však, že sa netýka všetkých rovnako – napríklad starší ľudia sú teraz ohrození viac.

Reprodukčný faktor SARSu bol okolo 3, nakazených bolo cez 8000 pacientov, z ktorých zomrelo takmer 10%. MERS mal faktor (počas skúmaného obdobia) okolo 1, rýchlo zanikol – stihol však nakaziť takmer 2500 ľudí, pričom 34% z nich usmrtil. Čínsky koronavírus má podľa aktuálnych odhadov R0 faktor okolo 2 (existujú odhady až okolo 5) a úmrtnosť okolo 5%. Je tak podobne nákazlivý ako SARS, no menej smrteľný. Okrem toho na neho ľudia zareagovali promptnejšie, čo je úplne kľúčové.

Spôsob, akým totiž boli porazení predchodcovia totiž nespočíval v liekoch či vakcinácii (aj keď, pracuje sa na tom), ale v prevencii a izolácii. Ak totiž vírus nemá na koho preskočiť, zanikne – mimo hostiteľa prežije len pár dní. Karanténou, izoláciou a zlepšenou hygienou zas znížime pravdepodobnosť prenosu, efektívne klesne jeho nákazlivosti faktor. Koronavírus sa šíri vzduchom – to však neznamená, že niekto na vás musí kýchnuť – stačí aby si kýchol do ruky a chytil tú istú kľučku, ktorú neskôr chytíte tesne predtým, ako si začnete okusovať nechty. Napríklad SARS sa dostal do sveta kvôli tlačidlám na výťahu v medzinárodnom hoteli.

Nechcem tým povedať, že čínsky koronavírus nie je nezpečný a máme ho ignorovať – práve opatrnosť ho totiž zničí najrýchlejšie. Akurát netreba prepadať panike, podobné infekcie zabíjali v tisícoch (čo je tiež tragédia), no v porovnaní s bežnou chrípkou (tiež vírus) či tuberkulózou (baktéria) ide o pomerne nevýraznú záležitosť – bojíme sa jej hlavne preto, že je nová. (UPDATE: Asymptotické šírenie robí túto chorobu oveľa nebezpečnejšou, než sa pôvodne myslelo – je totiž tažké dostať ju pod kontrolu.)

Epidémia v Číne

Update 27. 1. 2020: Niekto sa pýta, či mu môže vírus dôjsť pri objednaní tovaru z Číny. Výskum ukázal, že mimo hostiteľa prežije vírus 5 až 28 dní, podľa podmienok (čím chladnejšie je, tým dlhšie vydrží).

Update 30. 1. 2020: Počet nakazených ľudí dosiahol 7 783, z nich 170 zomrelo (2%) a 133 sa vyliečilo (1.7%). Dnes tak pravdepodobne prekoná úroveň SARSu. Boli zaznamená prvé príznaky prenosu mimo Číny, 98% všetkých nakazených je však práve tam. Ukázalo sa, že vírus môžu prenášať aj pacienti bez viditeľných symptómov. Čínski vedci sa síce podelili o genetický kód vírusu, no nie o vzorky samotného vírusu. Našťastie sa podarilo vírus izolovať austrálskym vedcom, čo teraz uľahčí vytvorenie testov na chorobu (čo je kľúčové kvôli asymptomatickým pacientom). Dobrou správou je, že sa ukazuje, že sa vírus asi nešíri vzduchom, ale kontaktom a slinami. To je dôležité pri jeho izolovaní.

Update 31. 1. 2020: WHO vyhlásilo globálny stav núdze, ide o sériu odporúčaní pre jednotlivé krajiny. Pripúšťa sa možnosť, že ak sa vírus nepodarí dostať pod kontrolu, stane sa endemickým (bude roztrúsený po svete a vracať sa v pravidelných intervaloch).

Príprava na pandémiu

Update 26. 2. 2020: Počet nakazených presiahol 81 000, z toho už takmer 3000 mimo Číny. Počet obetí je 2700, počet vyliečených 30 000 (vyliečených vlastným imunitným systémom, lieky sa zatiaľ len testujú). Pandémia (teda celosvetová epidémia) zatiaľ nebola vyhlásená, ale podľa expertov reálne hrozí.

Včera mal tlačovku šéf tímu WHO, ktorý 2 týždne pomáhal koordinovať akcie v Číne. Podla ich dát už epidémia v Číne dosiahla vrchol, situácia je stabilizovaná a niektoré menej ohrozené regióny znižujú bezpečnostné opatrenia. Niektoré nemocnice začínajú byť prázdne a výskumníci nemajú na kom testovať lieky. Čína vraj bola dobre pripravená, keďže má skúsenosti s nedávnou epidémiou SARS, na hrozbu však reagovala promptne – za 2 týždne vydali 6 vylepšení na bezpečnostné pokyny a nemocnice ich vždy v priebehu dňa implementovali. Podľa odhadov tieto opatrenia znížili počet nakazených o stovky tisíc.

Za najúčinnejšie opatrenia označil obmedzenie verejných podujatí a verejnej dopravy, podobné kroky čakajme aj inde vo svete – spolu s tým aj zatváranie škôl.

Choroba sa však šíri asymptomaticky (teda šíria jú aj nakazení bez príznakov) a tak sa ju nepodarilo izolovať a prenikla do sveta, stovky nakazených sú v Taliansku či Iráne, na epidémiu sa pripravuje aj Amerika.

Presné percento úmrtnosti nie je známe. Úmrtnosť je počet pacientov, ktorý chorobe podľahli deleno celkový počet nakazených – a ten nie je známy. Je možné, že veľa ľudí chorobu preležalo doma, veľa ľudí ju dostalo a neboli označených za chorých (v Číne aspoň zo začiatku nepočítali pozitívne testovaných asymptomatických pacientov). Len predelením známych čísiel dostaneme smrteľnosť 3%, toto číslo je ale pravdepodobne prehnané, keďže nezahŕňa mnohých nakazených o ktorých sa nevie. Jedna vec je však známa, choroba je nebezpečnejšia pre starších ľudí a ľudí s oslabenou imunitou.

Čo máme robiť? Najdôležitejšie je nepodliehať panike, lebo tá môže situáciu výrazne zhoršiť. Nebezpečnosťou je choroba na úrovni sezónnej chrípky. Najlepšou zbraňou je pravidelne si umývať ruky aj niekoľkokrát za deň a zakrývať si ústa pri kýchaní čí kašlaní (najlepšie lakťom, nie dlaňami). Ak máte kolegu, kamaráta či rodinu, čo tieto hygienické nároky zatiaľ nepochytil, je na čase ho začať cepovať. Okrem toho dbajte o svoju imunitu. To neznamená (iba) šumivý celaskón, doprajte si výživnú stravu, pohyb, dostatok spánku a vyvarujte sa stresu (áno, to môže byť v čase epidémie ťažké).

Ak sa nachádzate v oblasti, kde hrozí epidémia, odporúča sa zásoba jedla a liekov, ktoré pravidelne beriete. Samotná choroba to neohrozuje, problém je však ak ľudia vyvolajú paniku a napríklad v lekárni spravia stometrové rady na rúšky (ktoré mimochodom nefungujú, keď tak, zožeňte si respirátor).

Choroba ako taká nie je extrémne nebezpečná, no teraz sú rozhodujúce dni a týždne, kedy sa ju buď podarí potlačiť a eradikovať, alebo nastane pandémia a choroba sa stane endemickou – prežije a bude sa v pravidelných sezónnych intervaloch vracať. Každé dobré opatrenie môže zachrániť aj milióny životov v nasledujúcich desaťročiach.

Na záver to najdôležitejšie ešte raz: Najlepšou zbraňou proti chorobe sú kvalitné hygienické návyky a silný imunitný systém.

Koronavírus sa dostal k nám. Sme pripravení?

Update 9. 3. 2020: Je už čas na paniku?

Aj keď sa zatiaľ oficiálne nepoužíva to slovo na P (pandémia), koronavírus sa vyskytuje už v desiatkach krajín, pričom jednou z dvoch najhoršie postihnutých je neďaleké Taliansko. V absolútnych číslach samozrejme dominuje Čína, no v prepočte na hlavu je Taliansko druhé, prvá je Južná Kórea; jediné dve krajiny presahujúce 100 nakazených na milión obyvateľov.

Asi sa nemýlim, že z rôznych strán počúvate konfliktné informácie, niekto hovorí, že o nič nejde, niekto zas, že ide o katastrofu a už takmer niet pomoci. Pokúsim sa uviesť niekoľko dôležitých bodov.

CoViD-19 sa často porovnáva so sezónnou chrípkou, prípadne sa mávne rukou, že tá je oveľa bežnejšia. Je to rozumná referencia, no nie dokonalá. Chrípka sa šíri rýchlejšie a kým koronavírus zatiaľ nakazil asi stotisíc ľudí, pri chrípke sú to milióny. Na druhej strane, letalita (smrtnosť) je pri nej len zhruba 0.1%, pri koronavíruse sa odhaduje na 2 až 3%. Počet obetí tak vo výsledku môže byť porovnateľný alebo dokonca horší. Okrem toho treba dodať, že koronavírus má možnosť stať sa endemickým, takže sa tiež stane sezónnou záležitosťou – teraz je najlepší čas tomu zabrániť.

Ako rýchlo sa choroba šíri? Nepríjemným aspektom je, že chorobu šíria aj pacienti u ktorých je vírus v inkubačnej dobe či pacienti len s veľmi slabými príznakmi. Pozrel som si dáta za posledné obdobie a celkový trend je taký, že každý týždeň narastie celkový počet prípadov asi 4-násobne. Ak je dnes na Slovensku známych 5 prípadov, o týždeň to bude okolo 20, o dva týždne okolo 80 a ak sa nič nespraví, o mesiac pokojne cez 1000 – hľa sila exponenciálneho rastu (kontrolná otázka: ak je za mesiac 1000-násobný nárast, aký je za dva mesiace? Odpoveď: 1 000 000-násobný). Našťastie sa však prijalo hneď niekoľko opatrení a tak bude výsledné číslo asi menšie (píšem asi, lebo vychádzam z veľmi hrubých čísiel).

V Číne sa epidémiu podarilo dostať pod kontrolu, počet aktuálne nakazených niekoľko dní dokonca výrazne klesal, ostatných pár dní však toto číslo znova porástlo. Každopádne sa čínske opatrenia ukazujú ako účinné, podľa skupiny expertov pomohlo hlavne zrušenie masových akcií. Karanténa sa ako vhodné riešenia už opakovane ukázala aj v minulosti.

Boj s vírusom je jednoduchá matematika s nejasnými číslami. Reprodukčný faktor vírusu, R0, je podľa odhadov okolo 2-3. To znamená, že jeden nakazený človek nakazí 2-3 ďalších. Tento faktor je súčinom dvoch vecí: vlastností vírusu a vlastností prostredia, v ktorom sa šíri. To prvé nemáme pod kontrolou, to druhé áno. Našim cieľom je zmenou prostredia R0 potlačiť pod hodnotu 1, vtedy začne byť epidémia na ústupe.

Hodnota R0 ~ 2.5 platí, ak sa vírus šíri za (pre neho) ideálnych podmienok. Začneme si poriadne umývať ruky a hneď klesne efektívna hodnota R0, časť potenciálne nakazených si viróny zmyla z rúk. Zlepšíme si imunitu a R0 znova klesne, náš organizmus zabránil možnej nákaze. Tieto dve opatrenia sú prakticky zadarmo a mali by byť súčasťou bežného života. Toto však nemusí stačiť na potlačenie R0 pod 1 a tak prichádza ďalší krok, znižovanie kontaktu medzi ľuďmi. Vírus nepreskočí na človeka, ktorého nestretnete. Neexistuje univerzálne pravidlo, do akej miery treba kontakt obmedziť. Cieľom však je R0 < 1. Čím prísnejšie hygienické pravidlá dodržiavame – a čím sme v tom poctivejší, tým menšie obmedzenia bude treba.

Ak platí, že vírus nemôže nikto dostať dvakrát (asi to platí, sú správy o opakovanej nákaze, ale označujú sa za chybu testov, ktoré sú stále pomerne nedokonalé a v obmedzenom množstve), tak faktor R0 zníži aj skutočnosť, že vírusu začnú dochádzať nenakazení ľudia.

Jedným z faktorov, ktoré R0 znížia, je aj zvyšujúca sa teplota. V teple prežije vírus šíriaci sa kvapôčkami menej. To je pravda, zvyšujúca sa teplota teda pravdepodobne prispeje k zníženiu R0 pod 1, pravdepodobne však len v súčinnosti s inými faktormi (koronavírus je nákazlivejší ako chrípka a tak si vyžaduje prísnejšie opatrenia).

Testujú sa minimálne dva lieky na koronavírus, tie však znižujú letalitu vírusu, nie jeho nákazlivosť. Podľa odhadov sa nakazí asi 7-8% ľudí, ktorí prídu do kontaktu s nakazenou osobou.

Minulý týždeň sme písali o tom, že rúška neposkytujú riadnu ochranu pre vírusom, teda sa okrem iného môže dostať do tela cez oči (slzné kanáliky vedú do dýchacích dutín) plus je veľmi ťažké sa nedotýkať tváre. Rúška by mali používať ľudia, ktorí chorobu môžu šíriť, no teraz sa k nim nemôžu dostať, lebo sú vykúpené.

Prečo by sme mimochodom nemali brať situáciu na ľahkú váhu aj napriek nízkej mortalite? Veľké percento pacientov vysokého veku si vyžaduje hospitalizáciu, čo môže viesť k preťaženiu nemocníc a tým pádom k násobne vyššej úmrtnosti. Pozrime sa na Čínu, úmrtnosť v ťažko postihnutom Wuhane bola 5.8%, kým v ostatných oblastiach bola okolo 0.7%. Národný priemer 3.8% tak ťahala oblasť, kde nával preťažil zdravotný systém. A tomu chceme predísť.

Možno ste mladý človek, ktorý pozerá na tabuľkové číslo 0.2% a vraví si, že OK, jeho sa problém netýka. Treba však myslieť na to, že aj keď ja sám chorobu preležím bez ťažkostí, môžem ňou nakaziť ľudí, ktorých môže zabiť – preto je na každom z nás, aby sa správal zodpovedne. Rovnako sa zodpovednosť týka návštev doktorov, neohrozujte zbytočne zdravotný personál a ostatných pacientov – tie SMSky nedošli zo srandy.

Koronavírus nie je koniec sveta, no je to problém, ktorý musíme ako spoločnosť vyriešiť a čím skôr ho budeme mať z krku, tým lepšie pre všetkých – možno vás obmedzuje samotná choroba, možno len opatrenia proti jej šíreniu. Netreba však podliehať panike a robiť zásoby na mesiace dopredu, to môže narobiť viac škôd – viď napríklad nedostupné rúška pre ľudí, čo ich naozaj potrebujú. Je to ako keby vám doma začalo vytekať akvárium alebo sa začalo dymiť zo šporáku. Nevyskočíte hneď z okna, zároveň si ale nepoviete, že to počká hodinku, kým skončí film. Existuje zdravý balans medzi panikou a ničnerobením a ten by sme mali nájsť aj v prípade epidémie koronavírusu.

Po dvoch týždňoch v karanténe

Update: 24. 3. 2020

Veľká časť Slovenska strávila posledné dva týždne v domácej karanténe alebo spoločenskej izolácii. Vyzerá to tak, že opatrenia znížili reprodukčný faktor, nepotlačili ho však dostatočne. Situáciu je ťažké posúdiť, testujeme iba málo – situácia sa vraj má zlepšiť. Dobrým signálom je však počet obetí, ktorý je u nás výrazne menší než u našich susedov.

Situácia vo svete sa dá rozdeliť na niekoľko skupín. Hlavne malé a technologicky vyspelé štáty s disciplinovanou populáciou (napr. Južná Kórea) držia situáciu na uzde – vďaka masívne testovaniu, sledovaniu kontaktov a izolácii nakazených. Veľké Európske krajiny ako Španielsko, Taliansko či Francúzsko situácia podcenili, zaspali a zareagovali neskoro. Prijali síce tvrdšie opatrenia, no kvôli ich neskorému nástupu teraz počítajú obete na stovky (denne). Niektoré krajiny zas zdanlivo precenili svoje sily – ako napríklad Švajčiarsko či Nemecko – záťaž nekontrolovanej epidémie však nezvládne žiadna krajina, nikto nemá lôžka pre 10-20% populácie. UK sa zo začiatku dalo na samovražednú misiu nerobiť nič, teraz však otočilo, no stratilo cenné dva týždne. Podobnú neochotu konať je vidno aj pri iných krajinách s populistickým vedením, podľa predikcií bude celosvetovo najviac nakazených v USA. Veľa chudobnejších krajín hlási málo známych prípadov koronavírus. Testy sú však drahé a čím menej testujete, tým menej sa dozviete.

Zabije nás všetkých koronavírus? 3 — Po aplikovaní opatrení sa exponenciálny rast zmení na mocninový – je to vidno už aj pri Taliansku.

Testy sú aktuálne horúcou témou a v princípe existujú aktuálne dve možnosti. Sú rýchlotesty, ktoré použijete až po týždni symptómov a aj tak nie sú veľmi presné. Inými slovami, sú viac menej na nič (môžu však sledovať šírenie choroby v krajine). Potom sú testy pomocou výterov z dýchacích ciest. Tie následne putujú do laboratória a dajú veľmi presné výsledky. Má to však háčik, existuje viacero protokolov ako postupovať, vyžadujú si však rôzne „kity“, ktoré treba nakúpiť a mnohé z nich je teraz, neprekvapivo, ťažké zohnať. Samozrejme, už teraz sa pracuje aj na rýchlych a kvalitných testoch, je to jedna z top priorít.

Druhou z top priorít sú lieky a vakcína. Pracuje sa na mnohých verziách vakcín, keďže sa však robia konkrétne na tento koronavírus, potrvá to – rádovo rok. Lieky sa však dajú použiť aj také, ktoré sa vytvorili kvôli iným chorobám a fungujú aj na COVID19. Napríklad sa v testoch javia byť veľmi účinné antimalariká, čoskoro budeme vedieť oveľa viac. Nefungujú však ako tabletka, ktorú si dáte a máte vybavené, akurát výrazne skracujú čas hospitalizácie.

To však môže byť kľúčové, lebo už teraz je jasné, že najväčším problémom je nedostatočná kapacita nemocníc. Ak by mal lôžku a adekvátnu pomoc každý, kto ich potrebuje, úmrtnosť by bola okolo 1%. Bez nich však vystrelí k 4-5%. Najlepší plán na zvládnutie situácie je najprv prijať tvrdé opatrenia, potlačiť reprodukčný faktor pod 1, čím si kúpime čas (na testovanie liekov, prípravu nemocníc a zbieranie dát o šírení choroby). Po tejto fáze sa postupne môžu veľmi kontrolovane opatrenia rušiť.

Existuje veľa modelov šírenia epidémie, jeden z nich vznikol aj pre Slovensko. Kvôli chýbajúcim dátam (testy by nám povedali, koľko je nakazených a ako rýchlo sa choroba šíri) však čísla trochu lietajú. Dávajú nám však kvalitatívnu predikciu – do 2 mesiacov môžeme pri aktuálnom trende čakať obrovskú záťaž na nemocnice. V ďalšej iterácii modelu by mali byť zahrnuté aj dôsledky prijatých obmedzení a vplyv možných superšíriteľov.

Zabije nás všetkých koronavírus? 4 — Predikcia IZP (nadhodnocuje niektoré faktory, radšej, nech je opatrná).

Veľa sa ešte poslednú dobu hovorí o pôvode choroby. Vedecké dáta sú takéto – už v roku 2015 sa varovalo pred možnosťou ďalšieho prenosu koronavírusu na človeka, v roku 2017 sa dokonca ukázalo prstom na čínske provincie (kde sa obchoduje s divokými zvieratami). SARS-COV-2 sa geneticky veľmi podobá (96%) na koronavírus netopierov, jeho kľúčový gén (kódujúci proteín, cez ktorý sa vírus viaže na bunky) sa však podobá na koronavírus šupinavcov a tak je možné, že ide o kombináciu oboch (aj pred touto možnosťou vedci varovali). Mimochodom, koronavírus vďaka epidémii mutuje ďalej.